AlphaFold 数据库开放：AI 蛋白质结构预测迈向全蛋白质组规模

摘要

2021年7月22日，DeepMind与欧洲分子生物学实验室旗下EMBL-EBI共同推出AlphaFold蛋白质结构数据库，首次免费提供人类蛋白质组及另外20种模式生物的大规模预测结构，总量超过35万个。此前一周，AlphaFold 2的完整方法已发表于《Nature》，代码也同步开放。数据库允许研究者查看每个预测结果及其pLDDT、PAE等置信度指标，并按物种批量下载，数据采用CC BY 4.0许可。DeepMind强调，AlphaFold可在全蛋白质组尺度快速推理，使过去难以通过实验逐一解析的结构获得可检索预测，并计划继续扩展至UniRef90中的逾1亿种蛋白质。需要注意，这些是计算预测而非全部经过实验验证的结构，跨结构域相对位置等结果可能低于域内准确度。该发布把AlphaFold从一次竞赛突破转化为全球科研基础设施，成为AI直接加速生命科学研究的代表性里程碑。